Nam Đàn từng là kinh đô Vạn An của Việt Nam thời vua Mai Hắc Đế. Ngày nay vẫn còn vết tích thành Vạn An.

Địa bàn thị trấn Nam Đàn hiện nay trước đây vốn là thị trấn Nam Đàn, xã Vân Diên và một phần xã Nam Thượng.

Trước khi sáp nhập, thị trấn Nam Đàn có diện tích 1,90 km², dân số là 6.900 người, mật độ dân số đạt 3.632 người/km², gồm các khối phố: Mai Hắc Đế, Lam Sơn, Xuân Khoa, Sa Nam, Yên Khánh, Đan Nhiệm, Quang Trung, Phan Bội Châu (tên cũ là khối Tây Hồ), Ba Hà. Xã Vân Diên có diện tích 13,60 km², dân số là 13.000 người, mật độ dân số đạt 956 người/km², gồm 19 xóm: Trung Đông, Quy Chinh 1, Quy Chính 2, Bắc Sơn, Bắc Thung, Đông Tiến, Đụn Sơn, Hạ Long, Hồ Sơn, Nam Bình, Nam Thung, Nam Sơn, Hùng Lĩnh, Trường Long, Sư Phạm, Nhật Đông, Nhật Quang, Vạn An, Vệ Nông. Xã Nam Lộc có diện tích 7,30 km2, dân số là 1.900 người, mật độ dân số đạt 260 người/km2.

Ngày 17 tháng 12 năm 2019, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Vân Diên; toàn bộ 3,20 km2 diện tích tự nhiên và 700 người thuộc 2 xóm: 4, 5 của xã Nam Thượng vào thị trấn Nam Đàn.[2]